Було встановлено, що службові особи інституту протягом 2001 року підробили офіційні документи щодо права користування частиною будівлі, яка перебувала у комунальній власності Львівської міської ради, в якій не вказали площу – 640 кв. м, яка перебувала у користуванні інституту.Сфальшовані документи подали в управління комунального майна Львівської міської ради та Галицьку райдержадміністрацію Львова. На їх підставі було прийнято рішення про передачу всієї будівлі (площею 1 113 кв. м), яка розміщена у центральній частині Львова, у власність інституту. Надалі це приміщення службові особи інституту мали намір реалізувати комерційним структурам. Внаслідок протиправних дій службові особи інституту завдали збитків управлінню комунального майна Львівської міської ради на 12 млн грн. За цим фактом 17.02.2006 року Прокуратура Галицького району Львова порушила кримінальну справу за ознаками злочину, передбаченого ч.3 ст. 190 КК України.Для забезпечення відшкодування завданих збитків зараз накладено арешт на реалізовані приміщення, проводяться оперативно-розшукові заходи для встановленню інших фактів зловживань, в т.ч. фактів хабарництва та причетності до злочину посадових осіб управління комунального майна Львівської міської ради. Розслідування справи передано в слідчий відділ Галицького РВ ЛМУ УМВС України у Львівській області.